Die Wartbergschule ist in vier Stufen gegliedert: 

Grundstufe (G)

(1. - 3. Schulbesuchsjahr), 

Mittelstufe (M)

(4. - 6. Schulbesuchsjahr),

Hauptstufe (H)

(7. - 9. Schulbesuchsjahr),

Berufsorientierungsstufe (BO)

(ab dem 10. Schulbesuchsjahr). 

In Ausnahmen kann von dieser Regelung abgewichen werden. Innerhalb der Stufe orientiert sich die Zuordnung zu einer Klasse an pädagogischen und sozialen Gesichtspunkten. Die Klassen werden heterogen in Bezug auf Fähigkeiten, Fertigkeiten, Mobilität und Sprache zusammengesetzt. Sie bestehen aus maximal acht Schülerinnen und Schülern.